Problem wrócił, po próbie backupu kolejnych 300GB danych.
Rozwiązanie przyszło samo, chociaż przyznam, że liczyłem na taki obrót spraw.
Prawdopodobnie czynnikiem spowalniającym były faktycznie archiwa tworzone przez Crashplan, ale nie w kontekście samych (dużych)plików jak wcześniej myślałem, a raczej nie dokończonej archiwizacji.
Przerwanie procesu dla samego programu nie jest problemem i można do niego wracać wielokrotnie, ale prawdopodobnie punkty kontynuacji czy struktura danych jaką tworzy, już stanowi jakieś obciążenie dla dysku.
Po spowolnieniu po pierwszej przerwie zdałem sobie sprawę, że poprzednia sytuacja wiązała się z podobnymi okolicznościami.
Niestety nie jestem w stanie potwierdzić tego faktu, żadnym logiem czy testem, tylko własnymi obserwacjami. Po skończonym backupie i kilkukrotnych restartach wszystko wydaje się chodzić normalnie.
Być może ta informacja przyda się komuś w przyszłości.
Dzięki za zainteresowanie tematem, być może się jeszcze odezwę, mam jeszcze trochę backupów do zrobienia...